Filogenia de Rizóbios do feijoeiro com base no sequenciamento do gene 16S rRNA e na análise de sequenciamento multilocus

Abstract

A caracterização genotípica dos rizóbios é fundamental para sua definição taxonômica e para o conhecimento de sua biodiversidade. Dentro desse contexto, o presente trabalho teve cometivo caracterizar uma coleção de 139 estirpes de rizóbio isoladas de nódulos de feijoeiro e realizar inferências filogenéticas com base na análise de sequenciamento multilocus de modo a definir o seu posicionamento taxonômico. Essas estirpes foram isoladas de diferentes localidades do Brasil e do mundo e depositadas na coleção de Culturas de Bactérias Diazotróficas (CCBD) da EMBRAPA Agrobiologia. As ferramentas utilizadas foram a análise de BOX-PCR e a inferência filogenética com base em sequências dos genes 16S rRNA, recA, dnaK e glnII. A análise de BOX-PCR mostrou que existe uma grande diversidade genotípica entre as estirpes, com 63 grupos formados a 85% de similaridade. O sequenciamento do gene 16S rRNA revelou que 87% delas pertencem ao gênero Rhizobium, principalmente às espécies R. phaseoli, R. laguerrae e R. tropici. As árvores filogenéticas revelaram a existência de dois grandes clados: um deles foi formado pelo grupo R. phaseoli-R. etli-R. leguminosarum e o outro pelo R. tropici e espécies relacionadas. Os grupos formados nas árvores individuais de cada gene mostraram-se coesos, porém algumas estirpes apresentaram resultados incongruentes. O gene recA apresentou o maior número de sinais filogenéticos conflitantes indicando possível evento de recombinação entre as espécies, especialmente dentro do clado R. phaseoli-R. etli-R. leguminosarum.