logo RIMA
logo UFRRJ

  1. Repositório de Múltiplos Acervos da UFRRJ
  2. Teses e Dissertações
  3. Programa de Pós-Graduação em Ciências Ambientais e Florestais
  4. Doutorado em Ciências Ambientais e Florestais
Please use this identifier to cite or link to this item: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9399
Full metadata record
DC FieldValueLanguage
dc.contributor.authorBorges, Kelly Carla Almeida de Souza
dc.date.accessioned2023-12-21T18:38:26Z-
dc.date.available2023-12-21T18:38:26Z-
dc.date.issued2016-07-13
dc.identifier.citationBORGES, Kelly Carla Almeida de Souza. Identificação de madeiras nativas por DNA Barcode. 2016. 73 f. Tese (Doutorado em Ciências Ambientais e Florestais) - Instituto de Florestas, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, 2016.por
dc.identifier.urihttps://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9399-
dc.description.abstractO DNA Barcode é uma tecnologia em que se utiliza um fragmento de DNA para identificar espécies de forma rápida e precisa. Devido a grande dificuldade encontrada para identificar madeiras nativas, principalmente, se as mesmas estiverem secas e processadas, o presente trabalho teve como objetivo verificar a possibilidade de extrair, amplificar e sequenciar o DNA de madeira de cerne seco de espécies nativas comercializadas no Estado do Rio de Janeiro, grande consumidor de madeira. As madeiras estudadas foram: amarelão (Aspidosperma vargasii), araracanga (Aspidosperma desmanthum), caju-açu (Anacardium giganteum), cedro (Cedrela odorata), cerejeira (Amburana acreana), cumaru (Dypterix odorata), peroba-mica (Aspidosperma macrocarpon), piquiarana (Caryocar glabrum), roxinho (Peltogyne confertiflora) e seru (Allantona lineata). As características anatômicas da madeira macroscópicas das madeiras foram verificadas com auxílio de lupa (aumento de 10x) e por microscopia eletrônica de varredura (MEV). A extração de DNA foi conduzida por meio de teste de cinco protocolos e com seis repetições. Por tratar-se de material degradado, o DNA foi amplificado com enzima Taq polimerase Platinum para aumentar a eficiência da amplificação. O gene escolhido como marcador foi o rbcL, gene de região conservada. As etapas de purificação e sequenciamento das amostras foram conduzidas pela empresa Macrogen (Seoul, Coreia do Sul). O melhor protocolo para extração de DNA de cerne seco foi o kit Qiagen (protocolo 2) e para essa técnica o grau de pureza das amostras é mais importante que maiores concentrações de DNA. Foi possível amplificar o DNA de todas as amostras e identificar a sequência ―DNA Barcode‖ para as espécies amarelão (Aspidosperma vargasii), cumaru (Dypterix odorata) e seru (Allantona lineata). Para as demais espécies, não houve variação que permitisse selecionar a sequência Barcode, mas as sequências obtidas foram listadas, já que o sequenciamento das mesmas ainda não tinha sido citado na literatura. O resultado encontrado no presente trabalho pode ser utilizado como uma ferramenta de identificação de madeiras tanto no âmbito da fiscalização florestal, quanto para agregar valor ao comércio madeireiro através de certificação de madeiras identificadas por métodos moleculares.por
dc.formatapplication/pdf*
dc.languageporpor
dc.publisherUniversidade Federal Rural do Rio de Janeiropor
dc.rightsAcesso Abertopor
dc.subjectCernepor
dc.subjectrbcLpor
dc.subjectSequenciamentopor
dc.subjectHeartwoodeng
dc.subjectSequencingeng
dc.titleIdentificação de madeiras nativas por DNA Barcodepor
dc.title.alternativeIdentification of brazilian woods by DNA Barcodeeng
dc.typeTesepor
dc.description.abstractOtherDNA barcode is a DNA fragment to identify species quickly and accurately. Considering the difficulty to identify native woods, especially if they are dry and processed, this study aimed to verify the possibility of extracting, amplifying and sequencing the DNA of dry heartwood of species commercialized in Rio de Janeiro. The studied woods were: Aspidosperma vargasii, Aspidosperma desmanthum, Anacardium giganteum, Cedrela odorata, Amburana acreana, Dypterix odorata, Aspidosperma macrocarpon, Caryocar glabrum, Peltogyne confertiflora and Allantona lineata. The anatomical characteristics of the macroscopic wood woods were checked with magnifying aid (10X magnification) and scanning electron microscopy (SEM). The DNA extraction was conducted using five test protocols and six replicates. Because it is degraded material, the DNA was amplified with Platinum Taq polymerase enzyme to increase amplification efficiency. The gene chosen as a marker was the rbcL, conserved region gene. The steps of purification and sequencing of the samples were conducted by Macrogen company (Seoul, South Korea). The best protocol for dry heartwood DNA was extracted using Qiagen kit (protocol 2) and for this technique, the purity of samples is more important that increased concentrations of DNA. It was possible to amplify DNA from all samples and identify the sequence "DNA barcode" for Aspidosperma vargasii, Dypterix odorata and Allantona lineata. For other species, allowing no variation select the barcode sequence, but the listed sequences were obtained, since the same sequence had not yet been reported in the literature. The results found in this study can be used as a timber identification tool both in the forest inspection, and to add value to timber trade through certification woods identified by molecular methods.eng
dc.contributor.advisor1Lelis, Roberto Carlos Costa
dc.contributor.advisor1ID497.049.906-34por
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5175502780570226por
dc.contributor.advisor-co1Mendonça, Evânia Galvão
dc.contributor.advisor-co1ID049.192.566-20por
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/6622750677574080por
dc.contributor.referee1Lelis, Roberto Carlos Costa
dc.contributor.referee1ID497.049.906-34por
dc.contributor.referee1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5175502780570226por
dc.contributor.referee2Blank, Arie Fitzgerald
dc.contributor.referee2Latteshttp://lattes.cnpq.br/0798581687684229por
dc.contributor.referee3Muniz, Graciela Ines Bolzon de
dc.contributor.referee3Latteshttp://lattes.cnpq.br/4038930548278283por
dc.contributor.referee4Corrêa, Rodrigo Studart
dc.contributor.referee4Latteshttp://lattes.cnpq.br/4065757997691333por
dc.contributor.referee5Garcia, Rosilei Aparecida
dc.contributor.referee5Latteshttp://lattes.cnpq.br/7750485701838003por
dc.creator.ID095.998.667-70por
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/9033742169177308por
dc.publisher.countryBrasilpor
dc.publisher.departmentInstituto de Florestaspor
dc.publisher.initialsUFRRJpor
dc.publisher.programPrograma de Pós-Graduação em Ciências Ambientais e Florestaispor
dc.relation.referencesABNT NBR 14790. Manejo florestal sustentável – Cadeia de custódia – Requisitos. 2014. ALBERTS, B.; JOHNSON, A.; LEWIS, J.; RAFF, M.; ROBERTS, K.; WALTER, P. Molecular Biology of the Cell, 5th edition. New York: Garland Science, 1728p., 2007. ARAUJO, P.A.M.; MATTOS FILHO, A. A importância da anatomia do lenho para a comercialização da madeira. Rodriguésia, ano XXXII, nº 53, 1980. ASIF, M.J., CANNON, C.H. DNA extraction from processed wood: a case study for the identification of an endangered timber species (Gonostylus bancanus). Plant Molecular Biology Report, n. 23, p. 185 – 192, 2005. ASPEBORG, H.; SCHRADER, J.; COUTINHO, P.M.; et al., Carbohydrateactive enzymes involved in the secondary cell wall biogenesis in hybrid aspen. Plant Physiology, n.137, p. 983– 997, 2005. AVANCINI, M. Extração ilegal de madeira - Alta lucratividade dificulta repressão desse crime. Revista Pré-Univesp. 2014. Disponível em <http://pre.univesp.br/extracao-ilegal-demadeira#.VlDBj7_6KXc> Acesso em: 21.11.2015. AZEVEDO, V.C.R.; KANASHIRO, M.; GRATTAPAGLIA, D.; CIAMPI, A.Y. Variabilidade no cpDNA em Manilkara huberi, espécie sob manejo sustentável na Amazônia brasileira. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v.43, n.7, p.859-867, 2008. BAMBER, R.K. Heartwood, its function and formation. Wood Science and Technology, n.10, p.1 – 8, 1976. BENITES, P.K.R.M.; GOUVEA, A.F.G.; CARVALHO, A.M.M.L.; SILVA, F.C. Caracterização anatômica da fibra de oito espécies florestais do Cerrado de Mato Grosso do Sul para a produção de papel. Ciência da Madeira (Brazilian Journal of Wood Science), v.6, n.2, p. 88-93, 2015. BIROL, I.; RAYMOND, A.; JACKMAN, S.D.; et al., Assembling the 20 Gb white spruce (Picea glauca) genome from whole-genome shotgun sequencing data. Bioinformatics, n. 29, p.1492– 1497, 2013. BOERJAN, W.; RALPH, J.; BAUCHER, M. Lignin Biosynthesis. Annual Review Plant Biology, v.54, p. 519-546, 2003. BRAGATTO, J. Avaliação da composição química da parede celular de plantas de tabaco (Nicotiana tabacum) que superexpressam o gene ugdh de soja, que codifica a enzima UDPglicose desidrogenase (EC 1.1.1.22). Dissertação de Mestrado. Universidade de São Paulo – Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz. 73p., 2007. BUCHANAN, B. B.; GRUISSEN, W.; JONES, R. L. Biochemistry and molecular biology of plants. Rockville: American Society of Plant Physiologists, 1.367p., 2000. - 64 - BURGER, M. L.; RICHTER, H. G. Anatomia da madeira. São Paulo: Nobel. 154p., 1991. CARLQUIST, S. Comparative wood anatomy: systematic, ecological, and evolutionary aspects of dicotyledon wood. Springer, Berlin, 385p.,2001. CARNEIRO, M.S. A construção social do mercado de madeiras certificadas na Amazônia brasileira: a atuação das ONGs ambientalistas e das empresas pioneiras. Sociedade e Estado, Brasília, v. 22, n. 3, p. 681-713. set./dez. 2007. CARVALHO, W.; CANILHA, L.; FERRAZ, A.; MILAGRES, A.M.F. Uma visão sobre a estrutura, composição e biodegradação da madeira. Química Nova, v. 32, n. 8, p. 2191-2195, 2009. CARVALHO, M.C.C.G.; SILVA, D.C.G. Sequenciamento de DNA de nova geração e suas aplicações na genômica de plantas. Ciência Rural, Santa Maria, v.40, n.3, p.735-744, 2010. CARVALHO, B.A. DNA e a perícia ambiental criminal. In: TOCHETTO, D (Coord.). Perícia ambiental criminal. Campinas, SP: Millennium Editora, p. 237-250, 2012. CBoL Plant Working Group. A DNA Barcode for land plants. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, v.106, p. 12794–12797, 2009. CHAFFEY, N. Cambium: old challenges – new opportunities. Trees, v.13, p. 138 – 151, 1999. CHASE, M.W.; SALAMIN, N.; WILKINSON, M.; DUNWELL, J.M.; KESANAKURTHI, R.P.; HAIDAR, N.; SAVOLAINEN, V. Land plants and DNA Barcodes: short-term and long-term goals. Philosophical Transactions of Royal Society of London. Series B. Biological Sciences, v. 29; n. 360, p. 1889–1895, 2005. CHEN H.; XUE L.; CHINTAMANANI S.; GERMAIN H.; LIN H.; CUI H.; et al. ETHYLENE INSENSITIVE3 and ETHYLENE INSENSITIVE3-LIKE1 repress SALICYLIC ACID INDUCTION DEFICIENT2 expression to negatively regulate plant innate immunity in Arabidopsis. Plant Cell, v.21, p. 2527–2540, 2009. CHEN, J.; CHEN, B.; ZHANG, D. Transcript profiling of Populus tomentosa genes in normal, tension, and opposite wood by RNA-seq. BMC Genomics, v.16, p.164, 2015. CHENG, F.S.; BROWN, S.K.; WEEDEN, N.F. A DNA extraction protocol from various tissues in woody species. HortScience, v. 32, n. 5, p. 921-922, 1997. COLEY, P.D.; BARONE, J.A. Herbivory and plant defenses in tropical forests. Annual Review of Ecology and Systematics, v. 27, p. 305–335, 1996. - 65 - COSTA, M.O. Caracterização anatômica e colorimétrica de espécies madeireiras comercializadas como “IPÊ” no Estado do Pará. In: Congresso Nacional de Botânica, 55, 2004, Anais, Viçosa – MG: UFV, CD-Rom. COUTINHO, G.; VARGAS, I. Consumo de madeira no Estado do Rio. Carta da Indústria, ano XIII, edição 609, p.2, 2013. DE VERE, N.; RICH, T.C.G.; FORD, C.R.; TRINDER, S.A.; LONG, C.; et al.,DNA Barcoding the Native Flowering Plants and Conifers of Wales. PLoS ONE, v.7, n. 6, 2012. DEGUILLOUX, M.F.; PEMONGE, M.H.; PETIT, R.J. Novel perspectives in wood certification and forensics: dry wood as a source of DNA. Proceedings of the Royal Society: London, v. 269, p. 1039-1046, 2002. DELMER, D.P. Cellulose biosynthesis: exciting times for a difficult Field os study. Annual Review of Plant Physiology and Planta Molecular Biology. Palo Alto, v.50, p.245-276, 1999. DEMESURE, B.; SODZI, N.; PETITI, R.J. A set of universal primers for amplification of polymorphic non-coding regions of mitochondrial and chloroplast DNA in plants. Molecular Ecology, v.4, n.1, p.129-131, 1995. DHARMAWARDHANA, P.; BRUNNER, A.M.; STRAUSS, S.H. Genome-wide transcriptome analysis of the transition from primary to secondary stem development in Populus trichocarpa. BMC Genomics, v.11, n. 150, 2010. DONG, W.; XU, C.; LI, C.; SUN, J.; ZUO, Y.; SHI, S.; CHENG, T.; GUO, J.; ZHOU, S. ycf1 , the most promising plastid DNA barcode of land plants. Scientific Reports, v.5, 2015. DOYLE, J.J.T. E DOYLE, J.L. Isolation of plant DNA from fresh tissue. Focus, Rochester, v.12, p.13-15, 1990. ESPINOZA, J.A.; HODGE, G.R.; DVORAK, W.S. The potential use of near infrared spectroscopy to discriminate between different pine species and their hybrids. Journal of Near Infrared Spectroscopy, n.20, p.437–447, 2012. FONSECA, A.; JUSTINO, M.; SOUZA JR., C.; VERÍSSIMO, A. Boletim do desmatamento da Amazônia Legal (outubro de 2015) SAD. IMAZON. Disponível em <http://imazon.org.br/PDFimazon/Portugues/transparencia_florestal/amazonia_legal/SAD%20ou tubro%202015.pdf> Acesso em: 21.11.2015. FRANCO, L.M.L. A certificação de cadeia de custódia FSC no setor industrial gráfico brasileiro: um estudo de caso no Estado do Rio de Janeiro. Inovação Ambiental, 2013. GALLAGHER, S. R. Quantitation of DNA and RNA with absorption and fluorescence spectroscopy. Current Protocols in Neuroscience, A.1.K1, 2011. - 66 - GONZALEZ, M.A.; BARALOTO, C.; ENGEL, J.; MORI, S.A.; PE´ TRONELLI, P.; et al., Identification of Amazonian Trees with DNA Barcodes. PLoS ONE, v.4, n. 10, e7483, 2009. GUO H.; ECKER J. R. Plant responses to ethylene gas are mediated by SCFEBF1/EBF2 -dependent proteolysis of EIN3 transcription factor. Cell , v.115, p. 667–677, 2003. HEBERT, P.D.N.; CYWINSKA, A.; BALL, S.L.; DEWAARD, J.R. Biological identifications through DNA Barcodes . Proceedings of the Royal Society – Biological Sciences, v.270, p. 313- 321, 2003. HEBERT, P.D.; GREGORY, T.R. The promise of DNA barcoding for taxonomy. Systematic Biology. v. 54, p. 852-859, 2005. HIGUCHI, T. Biochemistry and Molecular Biology of Wood. Springer, Berlin Heidelberg New York, 374p., 1997. INSTITUTO DE MANEJO E CERTIFICAÇÃO FLORESTAL E AGRÍCOLA – IMAFLORA. Manual de certificação de cadeia de custódia no sistema do Forest Stewardship Council - FSC. Piracicaba: 50 p., 2002. JANUARIO, B.B. Aplicação de códigos de barras de dna (DNA BARCODING) na identificação das espécies de Senna mill. (Fabaceae) e Casearia jacq. (Salicaceae) para estudos de variabilidade genética. Dissertação de Mestrado do Programa de Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia da Universidade Estadual Paulista ―Júlio de Mesquita Filho‖, 71p., 2014. JIAO, L.; YIN, Y.; XIAO, F.; SUN, Q.; SONG, K.; JIANG, X. Comparative analysis of two dna extraction protocols from fresh and dried wood of Cunninghamia lanceolata (Taxodiaceae). IAWA Journal, v. 33, n. 4, p. 441–456, 2012. JIAO, L.; YIN, Y.; CHENG, Y.; JIANG, X. DNA barcoding for identification of the endangered species Aquilaria sinensis: comparison of data from heated or aged wood samples. Holzforschung , v.68, p.487 – 494. 2013. JIAO, L.; LIU, X.; JIANG, X.; YIN, Y. Extraction and amplification of DNA from aged and archaeological Populus euphratica wood for species identification. Holzforschung. ISSN (Online) 1437-434X, ISSN (Print) 0018-3830, DOI: 10.1515/hf-2014-0224, January 2015. JUDD, W. S.; CAMPBELL, C. S.; KELLOGG, E. A.; STEVENS, P. F. and DONOGHUE, M. J. Plant Systematics: a phylogenetic. Systematic Biology, v.53, n.3, p.517-518, 2002. JUVENAL, T.L.; MATTOS, R.L.G. O setor florestal no brasil e a importância do reflorestamento. BNDES Setorial, Rio de Janeiro, n. 16, p. 3-30, 2002. - 67 - KAO, Y.Y.; HARDING, S.A.; TSAI, C.J. Differential expression of two distinct phenylalanine ammonia-lyase genes in condensed tannin-accumulating and lignifying cells of quaking aspen. Plant Physiology, v.130, p.796-807, 2002. KLOCK, U. et al., Química da Madeira. 2005. 3ª edição. Universidade Federal do Paraná, Curitiba. KLOCK, U. Química da Madeira: Madeira - material heterogêneo. 2012. Disponível em <www.madeira.ufpr.br/disciplinasklock/quimicadamadeira/madeiraheterogenea2012.pdf> Acesso em 29.05.2016. KOCH, G.; HAAG, V.; HEINZ, I.; RICHTER, H.G.; SCHMITT, U. Control of Internationally Traded Timber - The Role of Macroscopic and Microscopic Wood Identification against Illegal Logging. Journal of Forensic Research, v. 6, p. 317, 2015. KRESS, W.J.; ERICKSON, D.L. A Two-Locus Global DNA Barcode for Land Plants: The Coding rbcL Gene Complements the Non-Coding trnH-psbA Spacer Region. PLoS ONE, v.2, n.6, p. 508, 2007. KWOK, S.; HIGUCHI, R. Avoiding false positive with PCR. Nature, v. 339, p. 237–238, 1989. LAHAYE, R.; VAN DER BANK ,M.; BOGARIN, D.; WARNER , J.; PUPULIN, F., GIGOT, G.; MAURIN, O DUTHOIT, S.; BARRACLOUGH, T.G.; SAVOLAINEN, V. DNA barcoding the floras of biodiversity hotspots. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, v. 105, p. 2923–2928, 2008. LEE, A. B.; COOPER, T. A. Improved direct PCR screen for bacterial colonies: wooden toothpicks inhibit PCR amplification. Biotechniques, v.18, p.225–226, 1995. LEROUXEL, O.; CAVALIER, D.M.; LIEPMAN, A.H.; KEEGSTRA, K. Biosynthesis of plant cell wall polysaccharides — a complex process. Current Opinion in Plant Biology, v. 9, n. 6, p. 621-630, 2006. LI, F.; FAN, G.; LU, C.; XIAO, G.; et al., Genome sequence of cultivated Upland cotton (Gossypium hirsutum TM-1) provides insights into genome evolution. Nature Biotechnology, 2015. LI, S.B.; XIE, Z.Z.; HU, C.G.; ZHANG, J.Z. A Review of Auxin Response Factors (ARFs) in Plants. A Review of Auxin Response Factors (ARFs) in Plants. Frontiers in Plant Science,v. 7, n. 47, 2016. LIANG, X.; DRON, M.; CRAMER, C.L.; DIXON, R.A.; LAMB, C.J. Differential regulation of phenylalanine ammonia-lyase genes during plant development and by environmental cues. Journal of Biological Chemistry, v. 264, p. 14486-14492, 1989. - 68 - LIRA, J.N.; NASCIMENTO, C.C.; DE PAULA, E.V.C.M. Avaliação da densidade básica da madeira do cerne e alburno de oito espécies de madeira. XVIII Jornada de Iniciação Científica PIBIC CNPq/FAPEAM/INPA, Manaus, 2009. LODHI, M.A.; YE, G.N.; WEEDEN, N.F. REISCH, B.I. A simple and efficient method for DNA extraction from grapevine cultivars and Vitis species. Plant Molecular Biology Reporter, v.12, p. 6-13, 1994. LOWE, A. Can we use DNA to identify the geographic origin of tropical timber? Proceeding of the International Workshop ―Fingerprinting methods for the identification of timber origins‖. Bonn,Germany, p. 15-19, 2008. LU, F.; ROMAY, M.C.; GLAUBITZ, J.C.; BRADBURY, P.J.; ELSHIRE, R.J.; WANG, T.; LI, Y.; LI, Y.; SEMAGN, K.; ZHANG, X.; HERNANDEZ, A.G.; MIKEL, M.A.; SOIFER, I.; BARAD, O.; BUCKLER, E.S. High-resolution genetic mapping of maize pan-genome sequence anchors. Nature Communications, v.6, n. 6914, 2015. LUZ, M.C.P.N. FSC e Cerflor, trocando em miúdos. Revista Tecnologia Gráfica. Ed. 74, 2010. MATSUMOTO-KITANO, M.; KUSUMOTO, T.; TARKOWSKI, P.; KINOSHITATSUJIMURA, K.; VACLAVIKOVA, K.; MIYAWAKI, K.; KAKIMOTO, T. Cytokinins are central regulators of cambial activity. Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, n. 105, p. 20027–20031, 2008. MAUSETH, J.D. Botany: an introduction to plant biology. Fourth edition. University of Texas, Austin, 672p. 2009. MAZZA, M.C.M.; BITTENCOURT, J.V.M. Extração de DNA de tecido vegetal de Araucaria angustifolia (Araucariaceae). Boletim de Pesquisa Florestal, Colombo, n. 41, p. 12-17, 2000. MINISTÉRIO DO MEIO AMBIENTE. PORTARIA MMA Nº 253, DE 18 DE AGOSTO DE 2006. MIR, L. et al.,, Genômica. São Paulo: Editora Atheneu, 1114p., 2004. MYBURG, A.A.; GRATTAPAGLIA, D.;TUSKAN, G.A., et al. The genome of Eucalyptus grandis. Nature, n. 510, p.356-362, 2014. NAHUZ, A.R. Catálogo de madeiras brasileiras para a construção civil. São Paulo: IPT - Instituto de Pesquisas Tecnológicas do Estado de São Paulo, 103p., 2013. NARDELLI, A. M. B.; TOMÉ, M. V. D. F. Efeito multiplicador dos benefícios da certificação florestal. Revista Floresta, Edição especial, p. 94-98, 2002. - 69 - NEUHAUS, H; LINK, G. The chloroplast tRNA (UUU) gene from mustard (Sinapsis alba) contains a class II intron potentially coding for a maturase related polypeptide. Current Genetics, v.11, p. 251–257, 1987. NEWMASTER, S.G.; FAZEKAS, A.J.; STEEVES, R.A.D.; JANOVEC, J. Testing candidate plant Barcode regions in the Myristicaceae. Molecular Ecology Resources, v.8, p. 480–490, 2008. NITHANIYAL, S., NEWMASTER, S. G., RAGUPATHY, S., KRISHNAMOORTHY, D., VASSOU, S. L., PARANI, M. DNA Barcode Authentication of Wood Samples of Threatened and Commercial Timber Trees within the Tropical Dry Evergreen Forest of India. PLoS ONE, v.9, n.9, e107669. doi:10.1371/journal.pone.0107669., 2014. NODA, R. W. Bioinformática: formação acadêmica e plataformas com softwares e ferramentas / Roberto Willians Noda. Sete Lagoas:Embrapa Milho e Sorgo, 20 p. (Documentos / Embrapa Milho e Sorgo, ISSN 1518-4277; 109), 2010. NOVAES, R.M.L.; RODRIGUES, J.G.; LOVATO, M.B. An efficient protocol for tissue sampling and DNA isolation from the stem bark of Leguminosae trees. Genetics and Molecular Research, n.8, v.1, p. 86-96, 2009. NYSTEDT, B.; STREET, N.R.; WETTERBOM, A.; et al., The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution. Nature, v. 497, p.579–584, 2013. OLIVEIRA, M.C.S.; REGITANO, L.C.A.; ROESE, A.D.; et al. Fundamentos teórico-práticos e protocolos de extração e de amplificação de DNA por meio de reação em cadeia de polimerase. São Carlos, EMBRAPA Pecuária Sudeste, 2007. OLIVEIRA, A.A.; SIQUEIRA, P.H.; NISGOSKI, S.; BOLZON DE MUNIZ, G.I.; FERREIRA, J.H. Identificação de madeiras utilizando espectrometria no infravermelho próximo e redes neurais artificais. Tendências em Matemática Aplicada e Computacional, v.16, n. 2, p. 81-95, 2015. PAINEL FLORESTAL. Estado do Rio de Janeiro está em busca de novas florestas para suas indústrias. 2013. Disponível em <http://www.painelflorestal.com.br/noticias/estado-do-rio-de-janeiro-esta-em-busca-de-novasflorestas-para-suas-industrias> Acesso: 09.06.2015. PALMER, J.D .Chloroplast DNA evolution and biosystematic uses of chloroplast DNA variation. The American Naturalist, v.130,n.1-2, p.6–29, 1987. PARMENTIER, I.; DUMINIL, J.; KUZMINA, M.; PHILIPPE, M.; THOMAS, D.W.; KENFACK, D.; CHUYONG, G.B.; CRUAUD, C.; HARDY, O.J. How effective are DNA Barcodes in the identification of African Rainforest Trees? PLoS ONE, v. 8, n. 4, e54921, 2013. - 70 - PAVY, N.; BOYLE,B.; NELSON, C.; PAULE, C.; GIGUÉRE, I.; CARON, S.; PARSONS, L.S.; DALLAIRE, N.; BEDON, F.; BÉRUBÉ, H.; COOKE, J.; MACKAY, J. Identification of conserved core xylem gene sets: conifer cDNA microarray development, transcript profiling and computational analyses. New Phytologist, v. 180, p. 766–786, 2008. PEREIRA, R.P.W.; MONTEIRO, M.B.O.; ABREU, H.S.; LELIS, R.C.C. Sistemas de diferenciação vascular em plantas. Revista Floresta e Ambiente, v. 10, n.1, p.106 - 115, 2003. PINO-NUNES, L.E. Controle do desenvolvimento vegetal pela interação auxina-citocinina. Uma nova abordagem baseada no estudo de mutantes de tomateiro (Solanum lycopersicum cv Micro-Tom).Tese (Doutorado – Programa de Pós-Graduação em Ciências. Área de Concentração: Biologia na Agricultura e no Ambiente) – Centro de Energia Nuclear na Agricultura da Universidade de São Paulo, 140p., 2009. PINTO, I.B. Caracterização dos genes matK e rbcL e da variabilidade genética entre os acessos de araruta (Maranta arundinacea L.). Dissertação (Mestrado em Biotecnologia). Universidade Católica Dom Bosco, Campo Grande, 58f., 2015. PLOMION, C.; LEPROVOST, G.; STOKES, A. Wood Formation in Trees. Plant Physiology, v. 127, p. 1513–1523, 2001. POLITI, M. Fiscalização nas florestas do País. Gazeta Mercantil. 2006. RACHMAYANTI, Y., LEINEMANN, L., GAILING, O., FINKELDEY, R. Extraction, amplification and characterization of wood DNA from Dipterocarpaceae. Plant Molecular Biology Reporter, v. 24, p. 45 – 55, 2006. RACHMAYANTI, Y. Isolation of DNA from unprocessed and processed wood of Dipterocarpaceae. Department of Forest Genetics and Forest Tree Breeding. Faculty of Forest Sciences and Forest Ecology. University of Göttingen, Alemanha, 2009. RAWAT, A.; BARTHWAL, S.; GINWAL, H.S. Genomic DNA extraction from sapwood of Pinus roxburghii for polymerase chain reaction studies. African Journal of Biotechnology, v. 12, n.15, 1732-1735, , 2013. REMADE. Setor Florestal - O desenvolvimento do setor florestal brasileiro. REMADE, n. 112, 2008. REN, H.; LU, L.; WANG, H.; LI, D.Z. DNA barcoding of Gaultheria L. in China (Ericaceae: Vaccinioideae). Journal of Systematics and Evolution, n.49, v.5, p. 411–424, 2011. REIS, A.R.S. Anatomia da madeira de quatro espécies de Aspidosperma Mart. & Zucc. Comercializadas no estado do Pará, Brasil. Ciência da Madeira (Brazilian Journal of Wood Science), n.6, v.1, p. 47-62, 2015. - 71 - RIBEIRO, A.S.D; DIAS, V.H.G; MELLO, I.C.T; SILVA, R; SABINO, B.D; GARRIDO R.G; SELDIN, L; MOURA-NETO, R.S. O gene rbcL como Barcode para identificação forense de Cannabis sativa. Saúde, Ética & Justiça, n.18(Ed. Especial), p. 67-71, 2013. ROMANO, E.; BRASILEIRO, A.C.M. Extração de DNA de Plantas. Biotecnologia Ciência e Desenvolvimento, Brasília, v. 5, n. 29 p. 40 - 43, 1998. ROY, S.; TYAGI, A.; SHUKLA, V.; KUMAR A et al., Universal plant DNA Barcode loci may not work in complex groups: a case study with Indian berberis species. PLoS One, v. 5, n. e13674, 2010. ROWELL, R.M.; PETTERSEN, R.; TSHABALALA, M.A. Cell Wall Chemistry. In: Handbook of Wood Chemistry and Wood Composites. 2 ed. CRC Press. 703p. 2012. RUFFINATTO, F.; CRIVELLARO, A.; WIEDENHOEFT, A.C. Review of macroscopic features for hardwood and softwood identification and a proposal for a new character list. IAWA Journal, v.36, n.2, p.208–241, 2015. SAMBROOK, J.; RUSSEL, D.W. Rapid isolation of yeast DNA. In: Molecular cloning, a laboratory manual (Sambrook J and Russel DW, eds.). Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 631-632, 2001. SBS - SOCIEDADE BRASILEIRA DE SILVICULTURA. Fatos e números do Brasil florestal, 106p. 2006. SHINOZAKI, K.; OHME, M.; TANAKA, M.; WAKASUGI, T.; HAYASHIDA, N.; MATSUBAYASHI, T.; ZAITA, N.; CHUNWONGSE, J.; OBOKATA, J.; YAMAGUCHISHINOZAKI, K.; OHTO, C.; TORAZAWA, K.; MENG, BY.; SUGITA, M.; DENO, H.; KAMOGASHIRA, T.; YAMADA, K.; KUSUDA, J.; TAKAIWA, F.; KATO, A.; TOHDOH, N.; SHIMADA, H. e SUGIURA, M. The complete nucleotide sequence of the tobacco chloroplast genome: its gene organization and expression. EMBO Journal, v. 5, n.9, p. 2043–2049, 1986. SILVA, L.A.G.C. Certificação Florestal. Biblioteca Digital da Câmara dos Deputados. 2005. SOUZA, N.D.; ABREU, H.S.; MONTEIRO, M.B.O.; PEREIRA, R.P.W.; MAEDA, J.M.; RECK, I.S. Proposta de análise metabolômica com RMN 13C da madeira do híbrido Eucalyptus urograndis. Floresta e Ambiente, v.15, n.1, p. 49 - 61, 2008. SPATHELF, P.; MATTOS, P.P.; BOTOSSO, P.C. Certificação Florestal no Brasil – uma ferramenta eficaz para a conservação das florestas naturais? FLORESTA, v. 34, n.3, p. 373-379, 2004. STOECKLE, M.Y.; GAMBLE, C.C.; KIRPEKAR, R.; YOUNG,G.;AHMED, S.; LITTLE, D.P. Commercial teas highlight plant DNA barcoding successes and challenges. Scientific Reports, v. 1, p. n.42, p.7, 2011. - 72 - SUITER FILHO, W. A Certificação florestal e o FSC no Brasil. In: Seminário Certificação Florestal e Movimentos Sociais na Amazônia, 1, 2002, Belém. Anais. Belém: GTNA; Fase Nacional; IMAZON, p. 7 – 9, 2002. SUZUKI, S.; LI, L.; SUN, Y.H.; CHIANG, V.L. The cellulose synthase gene superfamily and biochemical functions of xylem-specific cellulose synthase-like genes in Populus trichocarpa. Plant Physiology, v.142, p. 1233–1245, 2006. SWETHA, V.P.; PARVATHY, V.A.; SHEEJA, T.E.; SASIKUMAR, B. Isolation and amplification of genomic DNA from barks of Cinnamomum spp. Turkish Journal of Biology, v.38, p. 151- 155, 2014. TANI, N.; TSUMURA, Y.; SATO, H. Nuclear gene sequences and DNA variation of Cryptomeria japonica samples from the postglacial period. Molecular Ecology, v.12, n. 4, p.859-868, 2003. TECHNICAL BULLETIN. Interpretation of Nucleic Acid 260/280 Ratios. Thermo Scientific NanoDrop Products, T123– Rev 1/2012. TUSKAN, G.A.; DIFAZIO, S.; JANSSON, S.; et al. The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray). Science, v. 313, p.1596–1604, 2006. TSUCHIKAWA, S.; KOBORI, H. A review of recent application of near infrared spectroscopy to wood science and technology. Journal of Wood Science, n.61, p. 213-220, 2015. VARUZZA, L. Introdução à análise de dados de sequenciadores de nova geração Versão 2.0.1. 2013. Disponível em <http://lvaruzza.com/files/apostila_bioinfo_2.0.1.pdf> Acesso: em 23.04.2015. VASCONCELOS, T.S. Caracterização molecular, expressão gênica e atividade enzimática tecido-específicas das proteínas PAL e CAD durante a formação de madeira em Tectona grandis L. Trabalho de Conclusão de Curso. Universidade de São Paulo – Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, 77p., 2012. VERBYLAITÉ, R.; BEYSIS, P.; KUUSIÉNE, S. Comparison of ten DNA extraction protocols from wood of european Aspen (Populus tremula L.). Baltic Forestry, v.16, n1, p. 35-42, 2010. VINOD, K.K. Total genomic DNA extraction, quality check and quantitation. In: Proceedings of the training programme on Classical and modern plant breeding techniques – A hands on training, 109 – 121p, Tamil Nadu Agricultural University, Coimbatore, India, 2004. WANG, M.; QI, X.; ZHAO, S.; ZHANG, S.; LU, M.Z. Dynamic changes in transcripts during regeneration of the secondary vascular system in Populus tomentosa Carr. revealed by cDNA microarrays. BMC Genomics, v.10, 215, 2009. WHEELER, E.A. InsideWood - a web resource for hardwood anatomy. IAWA Journal, v.32, p. 199-211, 2011. - 73 - WILFINGER, W.W.; MACKEY, K.; CHOMCZYNSKI, P. Effect of pH and ionic strength on the spectrophotometric assessment of nucleic acid purity. Biotechniques, v.22, p.474–481, 1997. WICKER, T. et al., 454 sequencing put to the test using the complex genome of barley. BMC genomics, v.7, p.275, 2006. WILKINS, O.; NAHAL, H.; FOONG, J.; PROVART, N.J.; CAMPBELL, M.M. Expansion and diversification of the Populus R2R3-MYB family of transcription factors. Plant Physiology, v.149, p. 981–993, 2009. YANG, H., GOLENBERG, E.M., SHOSHANI, J. Proboscidean DNA from museum and fossil specimens: an assessment of ancient DNA extraction and amplification techniques. Biochemical Genetics, v. 35, p.165 – 179, 1997. YE, Z.H.; ZHONG, R. Molecular control of wood formation in trees. Journal of Experimental Botany - Review Paper, 13p., 2015. YU, J.; XUE, J.H.; ZHOU, S.L . New universal matK primers for DNA barcoding angiosperms. Journal of Systematics and Evolution, v. 49, n.3, p.176–181, 2011. YU, M.; ZHANG, H.; JIN, Q.; LIU, S. Wood identification of Dalbergia odorifera T. Chen based on DNA barcoding sequences. Indentification of Tember Species and Origins, Regional Workshop for Asia, Pacific & Oceania, 20-21 Augest 2013, Beijing, China. Disponível em <http://www.globaltimbertrackingnetwork.org/fileadmin/templates/globaltimbertrackingnetwork. org/upload/Regional_Workshop_for_Asia__Pacific___Oceania/Shengquan_Liu.pdf> Acesso em: 21.10.2014. ZAIA, D. A. M.; ZAIA, C. T. B. V.; LICTHIG, J. Determinação de proteínas totais via espectrofotometria: vantagens e desvantagens dos métodos existentes. Química Nova, v.21, n. 6, 1998. ZENID, G.J.; NAHUZ, M.A.R.; MIRANDA, M.J.A.C.; FERREIRA, O.P.; BRAZOLIN, S. Madeira: uso sustentável na construção civil. Geraldo José Zenid - Coordenador. 2. ed.São Paulo: Instituto de Pesquisas Tecnológicas:SVMA,103p. 2009. ZHANG, R.; XU, K.; YE, K. Concentration and distribution of nuclei and plastids in xylem cells in Cunninghamia lanceolata and Aquilaria sinensis. BioResources, v.10, n.1, p. 1304 – 1317, 2015. ZURAWSKI, G.; PERROT, B.; BOTTOMLEY, W.; WHITEFIELD, P.R. The structure of the gene for the large subunit of ribulose-1,5 -bisphosphate carboxylase from spinach chloroplast DNA. Nucleic Acids Research, v. 9, n.14, p. 3251–3270, 1981.por
dc.subject.cnpqRecursos Florestais e Engenharia Florestalpor
dc.thumbnail.urlhttps://tede.ufrrj.br/retrieve/67478/2016%20-%20Kelly%20Carla%20Almeida%20de%20Souza%20Borges.pdf.jpg*
dc.originais.urihttps://tede.ufrrj.br/jspui/handle/jspui/5222
dc.originais.provenanceSubmitted by Leticia Schettini (leticia@ufrrj.br) on 2021-11-05T12:54:12Z No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Carla Almeida de Souza Borges.pdf: 2417474 bytes, checksum: d81ebe10299435e98b6167833358e4d4 (MD5)eng
dc.originais.provenanceMade available in DSpace on 2021-11-05T12:54:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Carla Almeida de Souza Borges.pdf: 2417474 bytes, checksum: d81ebe10299435e98b6167833358e4d4 (MD5) Previous issue date: 2016-07-13eng
Appears in Collections:Doutorado em Ciências Ambientais e Florestais

Se for cadastrado no RIMA, poderá receber informações por email.
Se ainda não tem uma conta, cadastre-se aqui!

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
2016 - Kelly Carla Almeida de Souza Borges.pdf2016 - Kelly Carla Almeida de Souza Borges2.36 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open
Show simple item record


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.