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Tipo do documento: Tese
Título: Estudo da comunidade de bactérias diazotróficas associada a plantas de capim-elefante
Otros títulos: Community analysis of diazotrophic bacteria associated with elephant grass
Autor: Videira, Sandy Sampaio
Orientador(a): Baldani, Vera Lúcia Divan
Primeiro coorientador: Caballero, Segundo Sacramento Urquiaga
Segundo coorientador: Araújo, Jean Luiz Simões de
Primeiro membro da banca: Santos, Leandro Azevedo
Segundo membro da banca: Alves, Bruno José Rodrigues
Terceiro membro da banca: Zilli, Jerri Edson
Quarto membro da banca: Goi, Silvia Regina
Quinto membro da banca: Xavier, Deise Ferreira
Palabras clave: Pennisetum purpureum;Comunidade bacteriana;Promoção de crescimento vegetal;Pennisetum purpureum;Bacterial community;Plant growth promoting
Área(s) do CNPq: Agronomia
Idioma: por
Fecha de publicación: 15-feb-2012
Editorial: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
Sigla da instituição: UFRRJ
Departamento: Instituto de Agronomia
Programa: Programa de Pós-Graduação em Agronomia - Ciência do Solo
Citación: VIDEIRA, Sandy Sampaio. Estudo da comunidade de bactérias diazotróficas associada a plantas de capim-elefante. 2012. 105 f. Tese (Doutorado em Agronomia - Ciência do Solo) - Instituto de Agronomia, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, 2012.
Resumen: Neste estudo, uma fração da comunidade de bactérias diazotróficas associada a raízes e parte aérea de diferentes genótipos de capim-elefante (Pennisetum purpureum) foi analisada por métodos dependentes e independentes de cultivo. Duzentas e quatro estirpes bacterianas foram isoladas dos genótipos Cameroon e CNPGL91F06-3 e caracterizadas genotipicamente através de BOX-PCR. Das análises de agrupamento geradas a partir dos perfis de BOX-PCR, um total de 47 estirpes foram selecionadas para identificação taxonômica através do sequenciamento parcial do gene 16S rRNA. A análise de similaridade de fragmentos do gene 16S rRNA revelaram que 36% das sequências pertenciam ao gênero Gluconacetobacter, 31% a Azospirillum spp, 21% a Enterobacter spp. Estes resultados foram confirmados pela análise do gene nifH, embora, bactérias identificadas como Gluconacetobacter apresentaram sequências de nifH homólogas a Enterobacter spp. Adicionalmente, as 204 estirpes foram investigadas quanto à capacidade de fixar nitrogênio, produzir fitoreguladores e solubilizar fosfatos. Do total, 75.5% apresentaram atividade da nitrogenase, 97% produziram compostos indólicos, 22% solubilizaram fosfato e 15% apresentaram as três características. Para avaliar, sob condições de vaso, a resposta dos genótipos Cameroon e Roxo à inoculação com estirpes dos gêneros Azospirillum, Klebsiella, Enterobacter e Gluconacetobacter previamente caracterizadas. O rendimento de biomassa, o acúmulo de nutrientes na parte aérea, bem como o teor de proteína nos tecidos, não foram beneficiados significativamente pela inoculação com bactérias diazotróficas; embora incrementos na massa seca de raiz e acúmulo de N e P tenham sido detectados. Como os benefícios proporcionados à planta hospedeira apresentaram variação de estirpe para estirpe, e as análises foram realizadas pontualmente aos 60 dias após plantio, não foi possível determinar se as estirpes inoculadas apresentaram competência no estabelecimento e quais fatores influenciaram a interação planta-bactéria.A diversidade, estrutural e funcional, foi acessada pela técnica de PCR-DGGE a partir de sequências de 16S rRNA e nifH obtidas diretamente de amostras de raiz e colmo de 5 genótipos de capimelefante. A estrutura das comunidades, bacteriana e diazotrófica, foi mais influenciada pelo tecido vegetal do que pelos genótipos, sendo a raiz considerada um ambiente mais complexo em relação ao colmo. A população bacteriana metabolicamente ativa foi identificada em 3 dos 5 genótipos testados; e os grupos detectados com maior frequência foram Proteobacteria, constituido de - (Leptothrix spp e Burkholderia spp), - (Bradyrhizobium spp, Methylobacterium spp e Rhizobium spp), - (Steroidobacter spp) e Actinobacteria (Actinoplanes spp, Conexibacter spp, Solirubrobacter spp e Amycolatopsis spp). Nas bibliotecas construídas de nifH-cDNA, 26,4% do total de fragmentos foram relacionados com sequências de diferentes estirpes de Bradyrhizobium spp. Sequências menos abundantes pertencentes aos gêneros Azospirillum, Burkholderia, Klebsiella e Enterobacter spp também foram detectadas, mas sua distribuição entre as amostras foi aleatória.
Abstract: In this study, a fraction of the diazotrophs community associated with roots and shoots of different elephant grass genotypes (Pennisetum purpureum) was assessed by combined use of culture-dependent and -independent approaches. A total of 204 bacterial strains were isolated from Cameroon and CNPGL91F06-3 genotypes and genomically fingerprinted by BOX-PCR. From the cluster analysis generated from BOX-PCR profiles, 47 strains were selected for identification by partial 16S rRNA sequencing. Similarity analysis of the 16S rRNA gene fragments revealed that 36% of the sequences belonged to the Gluconacetobacter genus, 31% to Azospirillum spp and 21% to Enterobacter spp. These results were confirmed by nifH gene analysis, although bacteria identified as Gluconacetobacter showed sequences homologous to nifH gene from Enterobacter spp. Additionally, 204 strains were investigated for their ability to fix nitrogen, produce phytohormones and phosphate solubilization. Of the total, 75.5% had nitrogenase activity, 97% produced indole compounds, 22% solubilized phosphate and 15% showed all three characteristics together. To evaluate, under vessel experiment conditions, the response of Cameroon and Roxo genotypes to inoculation with Azospirillum, Klebsiella, Enterobacter and Gluconacetobacter strains previously characterized. The biomass yield, nutrient accumulation in the shoot as well as the protein content in elephant grass inoculated with diazotrophs were not significantly improved by inoculation, although increases in root dry weight and N and P have been detected. As the benefits to the host plant showed variation from strain to strain, and the analyzes were carried out punctually at 60 days after planting, it was not possible to determine if the inoculated strains were not able to penetrate into the tissues and which factors influenced the plant-bacterium interaction and the final production of the plants. The structural and functional diversity was assessed by PCR-DGGE from 16S rRNA and nifH sequences directly-obtained from root and stem of five elephant grass genotypes. The bacterial and diazotrophic community structure was more influenced by plant tissue than the genotypes, the root being considered a more complex niche in relation to the stem. The metabolically active bacterial population was identified in three of the five tested genotypes, and the groups most frequently detected were Proteobacteria, consisting of - (Leptothrix spp and Burkholderia spp), - (Bradyrhizobium spp, Methylobacterium spp and Rhizobium spp), - (Steroidobacter spp) and Actinobacteria (Actinoplanes spp, Conexibacter spp, Solirubrobacter spp and Amycolatopsis spp). In nifH-cDNA libraries, 26.4% of the fragments were related to different Bradyrhizobium spp. strains sequences. Less abundant sequences belonging to the genera Azospirillum, Burkholderia, Klebsiella and Enterobacter spp were also detected, but their distribution among the samples was at random.
URI: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9074
Aparece en las colecciones:Doutorado em Agronomia - Ciência do Solo

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