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Tipo do documento: Tese
Título: Genômica funcional da bactéria Nitrospirillum amazonense em interação com o fluido do apoplasto de cana-de-açúcar: abordagens transcriptômica e proteômica
Título(s) alternativo(s): Functional genomics of nitrogen-fixing bacteria Nitrospirillum amazonense in interaction with sugarcane apoplast fluid: transcriptomic and proteomic approaches
Autor(es): Terra, Leonardo Araujo
Orientador(a): Schwab, Stefan
Primeiro coorientador: Vidal, Márcia Soares
Primeiro membro da banca: Reis, Verônica Massena
Segundo membro da banca: Souza Filho, Gonçalo Apolinario de
Terceiro membro da banca: Meneses, Carlos Henrique Salvino Gadelha
Quarto membro da banca: Lima, Marcelo de Freitas
Palavras-chave: Transcriptômica;Proteoma;Interação bactéria-planta;Transcriptome;Proteome;Bacteria-plant interaction
Área(s) do CNPq: Genética
Idioma: por
Data do documento: 27-Abr-2018
Editor: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
Sigla da instituição: UFRRJ
Departamento: Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação
Programa: Programa de Pós-Graduação em Ciência, Tecnologia e Inovação em Agropecuária
Citação: TERRA, Leonardo Araujo. Genômica funcional da bactéria Nitrospirillum amazonense em interação com o fluido do apoplasto de cana-de-açúcar: abordagens transcriptômica e proteômica. 2018. 130 f. Tese (Doutorado em Ciência, Tecnologia e Inovação Agropecuária) - Pró-reitora de Pesquisa e Pós-graduação, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica - RJ, 2018.
Resumo: Nitrospirillum amazonense é uma bactéria fixadora de nitrogênio isolada de várias plantas, como arroz, milho, sorgo e cana-de-açúcar. A estirpe CBAmC de N. amazonense foi isolada de colmos de cana-de-açúcar variedade CB45-3 e tem sido relatado que esta bactéria promove o o crescimento da variedade de cana RB867515, quando inoculada em condições de campo em consórcio com outras quatro bactérias fixadoras de nitrogênio. O apoplasto de cana-de-açúcar representa um provável nicho para o estabelecimento de várias bactérias, entre elas a N. amazonense. O presente trabalho teve por objetivo acessar a influência do fluido apoplástico da cana-de-açúcar sobre os perfis transcriptômico e proteômico globais. A bactéria foi cultivada em meio de cultura padrão LGI na presença ou ausência do fluido do apoplasto. Foram coletadas amostras na metade da fase exponencial de crescimento para extração de RNA e de proteínas. O RNA total foi extraído com tratamento de trizol em temperatura de 65ºC e utilizado método de sequenciamento de alto rendimento (RNA-Seq). O extrato proteico foi obtido por sonicação e utilizado espectrometria de massa em tandem por cromatografia líquida (LC-MS/MS). A análise comparativa entre os perfis transcriptômico e proteômico mostrou forte consistência entre os resultados das duas abordagens. A análise de dados revelou que os níveis de expressão dos transcritos relacionados com quimiotaxia, biossíntese de flagelos bacterianos e transportadores TonB foram fortemente subexpressos na presença do fluido do apoplasto. Em contraste, no metabolismo de geração de energia, os níveis de expressão dos genes envolvidos no ciclo do Krebs foram superexpressos. Além disso, genes envolvidos com resposta a estresse osmótico e oxidativo e com transportadores efluxos multidrogas RND foram fortemente superexpressos, conforme detectado no transcriptoma e proteoma em presença do fluido. Em conclusão, os resultados mostraram que o estado metabólico de N. amazonense durante o cultivo do apoplasto é direcionado para proteínas capazes de suportar a adaptação em um novo ambiente complexo como o apoplasto da cana-de-açúcar. A investigação de análise comparativa entre o transcriptômica e proteoma na interação com o fluido de apoplasto ampliará uma melhor compreensão da interação entre a planta e a bactéria orientando futuros estudos com a estirpe CBAmC bem como o potencial desenvolvimento de um inoculante para a cana-de-açúcar.
Abstract: Nitrospirillum amazonense is a nitrogen-fixing bacterium isolated from several plants, such as rice, corn, sorghum and sugar cane. The CBAmC strain of N. amazonense was isolated from sugarcane stalks CB45-3 variety and it has been reported that this bacterium promotes the growth of the sugarcane variety RB867515 when inoculated under field conditions in consortium with four other bacteria nitrogen. The sugarcane apoplast represents a probable niche for the establishment of several bacteria, among them N. amazonense. The present work had the objective of accessing the influence of the sugarcane apoplastic fluid on the global transcriptomic and proteomic profiles. The bacterium was cultured in standard LGI culture medium in the presence or absence of apoplast fluid. Samples were collected in the middle of the exponential growth phase for extraction of RNA and proteins. Total RNA was extracted with trizol treatment at a temperature of 65ºC and a high-throughput sequencing method (RNA-Seq) was used. The protein extract was obtained by sonication and tandem mass spectrometry was used by liquid chromatography (LC-MS / MS). The comparative analysis between the transcriptome and proteome profiles showed strong consistency between the results of the two approaches. Data analysis revealed that expression levels of transcripts related to chemotaxis, bacterial flagella biosynthesis and TonB transporters were strongly repressed in the presence of apoplast fluid. In contrast, in energy-generating metabolism, the expression levels of the genes involved in the Krebs cycle were induced. In addition, genes involved in response to osmotic and oxidative stress, RND multidrug efflux transporters were strongly overexpressed, as detected in the transcriptome and proteome in the presence of the fluid. In conclusion, the results showed that the metabolic state of N. amazonense during apoplast culture is directed to proteins capable of supporting adaptation in a new complex environment such as sugarcane apoplast. The investigation of comparative analysis between the transcriptome and proteome in the interaction with the apoplast fluid will expand a better understanding of the interaction between the plant and the bacterium guiding future studies with the CBAmC strain as well as the potential development of an inoculant for the cane- sugar.
URI: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/9870
Aparece nas coleções:Doutorado em Ciência, Tecnologia e Inovação em Agropecuária

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