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https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/14323
Tipo do documento: | Dissertação |
Title: | Automatização do processo de obtenção das conformações mais estáveis para pentoses por métodos ab initio |
Authors: | Alves, Leandro Guilherme |
Orientador(a): | Silva, Clarissa Oliveira da |
Primeiro coorientador: | Araújo, Moises Augusto da Silva Monteiro de |
Primeiro membro da banca: | Silva, Clarissa Oliveira da |
Segundo membro da banca: | Barbosa, André Gustavo Horta |
Terceiro membro da banca: | Magalhães, Carnila Silva de |
Keywords: | Conformações;D-ribose;Ab initio;Conformations |
Área(s) do CNPq: | Matemática |
Idioma: | por |
Issue Date: | 5-May-2014 |
Publisher: | Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro |
Sigla da instituição: | UFRRJ |
Departamento: | Instituto de Ciências Exatas |
Programa: | Programa de Pós-Graduação em Modelagem Matemática e Computacional |
Citation: | ALVES, Leandro Guilherme. Automatização do processo de obtenção das conformações mais estáveis para pentoses por métodos ab initio. 2014. 56 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática e Computacional). Instituto de Ciências Exatas, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, RJ, 2014. |
Abstract: | Carboidratos são moléculas com grande versatilidade configuracional e conformacional. Em estudos teóricos, o ordenamento energético destas formas distintas é fundamental, para a devida identificação das conformações mais estáveis. Basicamente duas abordagens teóricas são utilizadas: descrições clássicas e quanto-mecânicas para estes sistemas, cada qual possuindo suas conveniências e inadequações. Neste trabalho, realizou-se a amostragem conformacional para a molécula de D-ribose. Foram consideradas todas as orientações mais prováveis dos grupos hidroxila, para os dois anômeros e das duas formas cadeira reconhecidamente mais estáveis 1C4 e 4C1. Um total de 324 possibilidades conformacionais foi investigado. Dentre estas, somente 78 conformações termodinamicamente estáveis foram obtidas. Dois métodos teóricos foram utilizados B3LYP/6-31+G(d,p) e MP2/6-31+G(d,p). Os resultados obtidos foram bastante concordantes para os dois métodos. Um programa para construção das coordenadas geométricas iniciais foi desenvolvido, para automatizar a construção dos arquivos de entrada com as coordenadas das possibilidades conformacionais a serem investigadas. Os resultados deste procedimento mostraram-se superiores àqueles de amostragens que utilizaram métodos clássicos como abordagem para gerar conformações iniciais para cálculos quânticos, pois mais conformações foram identificadas. |
Abstract: | Carbohydrates are molecules with very high configurational and conformational versatility. The proper energetic ordering of these conformations in only possible if theoretical studies are performed. Basically two theoretical approaches are used to sample on the potential energy surface of carbohydrates: classical and quantum mechanical. In this work, the conformational sampling was performed for D-ribose molecule. All the most likely orientations for the hidroxyl groups were investigated, for both andanomers, in both chair conformations 1C4 and 4C1Thewhole set of 324 conformational possibilities was studied. Among them, only 78 conformations were found as thermodynamically stable. Two different descriptions were used: B3LYP/6-31+G(d,p) and MP2/6-31+G(d,p). The results obtained from both descriptions were similar. An algorithm was written to generate the geometrical coordinates of all starting geometries for the conformational possibilities investigated. The number of stable conformations found was larger than that one found when classical techniques are employed to sample on the same potential energy surface. |
URI: | https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/14323 |
Appears in Collections: | Mestrado em Modelagem Matemática e Computacional |
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