Please use this identifier to cite or link to this item: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/14323
Tipo do documento: Dissertação
Title: Automatização do processo de obtenção das conformações mais estáveis para pentoses por métodos ab initio
Authors: Alves, Leandro Guilherme
Orientador(a): Silva, Clarissa Oliveira da
Primeiro coorientador: Araújo, Moises Augusto da Silva Monteiro de
Primeiro membro da banca: Silva, Clarissa Oliveira da
Segundo membro da banca: Barbosa, André Gustavo Horta
Terceiro membro da banca: Magalhães, Carnila Silva de
Keywords: Conformações;D-ribose;Ab initio;Conformations
Área(s) do CNPq: Matemática
Idioma: por
Issue Date: 5-May-2014
Publisher: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
Sigla da instituição: UFRRJ
Departamento: Instituto de Ciências Exatas
Programa: Programa de Pós-Graduação em Modelagem Matemática e Computacional
Citation: ALVES, Leandro Guilherme. Automatização do processo de obtenção das conformações mais estáveis para pentoses por métodos ab initio. 2014. 56 f. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática e Computacional). Instituto de Ciências Exatas, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, RJ, 2014.
Abstract: Carboidratos são moléculas com grande versatilidade configuracional e conformacional. Em estudos teóricos, o ordenamento energético destas formas distintas é fundamental, para a devida identificação das conformações mais estáveis. Basicamente duas abordagens teóricas são utilizadas: descrições clássicas e quanto-mecânicas para estes sistemas, cada qual possuindo suas conveniências e inadequações. Neste trabalho, realizou-se a amostragem conformacional para a molécula de D-ribose. Foram consideradas todas as orientações mais prováveis dos grupos hidroxila, para os dois anômeros  e das duas formas cadeira reconhecidamente mais estáveis 1C4 e 4C1. Um total de 324 possibilidades conformacionais foi investigado. Dentre estas, somente 78 conformações termodinamicamente estáveis foram obtidas. Dois métodos teóricos foram utilizados B3LYP/6-31+G(d,p) e MP2/6-31+G(d,p). Os resultados obtidos foram bastante concordantes para os dois métodos. Um programa para construção das coordenadas geométricas iniciais foi desenvolvido, para automatizar a construção dos arquivos de entrada com as coordenadas das possibilidades conformacionais a serem investigadas. Os resultados deste procedimento mostraram-se superiores àqueles de amostragens que utilizaram métodos clássicos como abordagem para gerar conformações iniciais para cálculos quânticos, pois mais conformações foram identificadas.
Abstract: Carbohydrates are molecules with very high configurational and conformational versatility. The proper energetic ordering of these conformations in only possible if theoretical studies are performed. Basically two theoretical approaches are used to sample on the potential energy surface of carbohydrates: classical and quantum mechanical. In this work, the conformational sampling was performed for D-ribose molecule. All the most likely orientations for the hidroxyl groups were investigated, for both andanomers, in both chair conformations 1C4 and 4C1Thewhole set of 324 conformational possibilities was studied. Among them, only 78 conformations were found as thermodynamically stable. Two different descriptions were used: B3LYP/6-31+G(d,p) and MP2/6-31+G(d,p). The results obtained from both descriptions were similar. An algorithm was written to generate the geometrical coordinates of all starting geometries for the conformational possibilities investigated. The number of stable conformations found was larger than that one found when classical techniques are employed to sample on the same potential energy surface.
URI: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/14323
Appears in Collections:Mestrado em Modelagem Matemática e Computacional

Se for cadastrado no RIMA, poderá receber informações por email.
Se ainda não tem uma conta, cadastre-se aqui!

Files in This Item:
File Description SizeFormat 
2014 - Leandro Guilherme Alves.pdfDocumento principal1.7 MBAdobe PDFThumbnail
View/Open


Items in DSpace are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.