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Tipo do documento: Dissertação
Título: Estudo das características morfométricas e da associação genômica Ampla (GWAS) em equinos da raça Campolina
Otros títulos: Study of morphometric characteristics and genomic wide association (GWAS) in Campolina horses
Autor: Krebs, Lisia Castro
Orientador(a): Godoi, Fernanda Nascimento de
Primeiro coorientador: Melo, Ana Lúcia Puerro de
Primeiro membro da banca: Godoi, Fernanda Nascimento de
Segundo membro da banca: Barbero, Marina Mortati Dias
Terceiro membro da banca: Lucena, Jorge Eduardo Cavalcante
Palabras clave: cavalo;genética,;morfometria;genetics;horse;morphometry
Área(s) do CNPq: Zootecnia
Idioma: por
Fecha de publicación: 28-may-2021
Editorial: Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro
Sigla da instituição: UFRRJ
Departamento: Instituto de Zootecnia
Programa: Programa de Pós-Graduação em Zootecnia
Citación: KREBS, Lisia Castro. Estudo das características morfométricas e da associação genômica ampla (GWAS) em equinos da raça Campolina. 2021. 117 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Instituto de Zootecnia, Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, Seropédica, RJ, 2021.
Resumen: Os estudos em análises morfométricas dos equinos progrediram nos últimos anos; sempre partindo da premissa desta avaliação estar relacionada com a aptidão do cavalo. Com o avanço da avaliação genética na equinocultura criou-se a oportunidade de obter informações precisas sobre a funcionalidade dos animais, assim como a maior exatidão da descendência e obter o alelo desejado. Esta pesquisa tem como objetivo realizar Estudo das características Fenotípicas e o Estudo de Associação Genômica Ampla (GWAS) de medidas morfométricas em equinos da raça Campolina. Foram mensurados 270 equinos, com idade acima de 36 meses de idade, registrados na Associação Brasileira dos Criadores do Cavalo Campolina (ABCCCampolina), pertencentes aos estados da Bahia, Rio de Janeiro e Minas Gerais, para a Análise Fenotípica de 45 medidas morfométricas. Destes equinos foram selecionados, com base no pedigree, 48 animais para extração do DNA para posterior realização do GWAS. E, para a realização do GWAS foram utilizados os dados de 18.876 registros genealógicos da ABCCCampolina, o qual contém as informações de 15 medidas morfométricas. O DNA genômico foi extraído de amostras de bulbo capilar utilizando o kit Nucleospin Tissue. Posteriormente a extração do DNA, ocorreu a genotipagem do DNA com a utilização do chip GGP Equine Illumina ~65000SNP. As análises estatísticas realizadas para os dados fenotípicos foram correlação de Pearson, covariância, análise discriminante e componentes principais. Após foi realizado a análise genotípica e o GWAS. As análises foram realizadas utilizando o Excel®, RStudio® e softwares BLUPF90®. Na análise de correlação de Pearson observou-se que as medidas lineares e de perímetro correlacionaram positivamente com as 45 medidas morfométricas. A maioria das medidas angulares possuíram correlações não significantes com as medidas morfométricas. Verificou-se que na análise de covariância, de componentes principais e discriminante que os machos apresentaram menor variação das medidas lineares e de perímetros em relação as fêmeas. Os machos foram mais altos e apresentaram peito mais largo, maior ângulo escapulo-umeral e maior pescoço, tanto no comprimento quanto no perímetro em relação as fêmeas (P<0,05). As fêmeas apresentaram maior perímetro torácico, ancas mais largas e maior abertura dos ângulos coxo-solo e femoro-tibial do que os machos (P<0,05). Na análise de GWAS observou-se que para as 15 medidas morfométricas 628 SNPs foram responsáveis por explicar mais de 1% da variação genética ocorrida em equinos da raça Campolina. Conclui-se que na raça Campolina, as medidas lineares e de perímetros são as medidas morfométricas mais indicadas para classificação dos equinos quanto ao sexo, apresentando maior dimorfismo sexual, quando comparadas as medidas angulares. Os possíveis genes candidatos para as medidas morfométricas avaliadas foram: RBMS3, HAUS, PIK3R1, SUCLG2, ZCWPW2, CLYBL, DNAJC3, DNAJC15, KMO, LMOD3, LOC100630169, LOC102148584, LRCH1 e THRB.
Abstract: Studies in morphometric analyzes of horses have progressed in recent years; always assuming this assessment is related to the horse's fitness. With the advance of genetic evaluation in equine culture, the opportunity has been created to obtain precise information about the functionality of the animals, as well as greater accuracy of offspring and to obtain the desired allele. This research aims to study the Phenotypic characteristics and the Genomic Wide Association Study (GWAS) of morphometric measurements in Campolina horses. A total of 267 horses, aged over 36 months, registered at the Brazilian Association of Horse Breeders Campolina (ABCCCampolina), belonging to the states of Bahia, Rio de Janeiro and Minas Gerais, were measured for the Phenotypic analysis of 45 morphometric measurements. From these horses, 48 animals were selected, based on the pedigree, for DNA extraction for subsequent GWAS performance. And, to carry out the GWAS, data from 18,876 genealogical records of ABCCCampolina were used, which contains information from 15 morphometric measurements. Genomic DNA was extracted from hair bulb samples using the Nucleospin Tissue kit. After DNA extraction, DNA genotyping was performed using the GGP Equine Illumina ~65000SNP chip. Statistical analyzes performed for phenotypic data were Pearson correlation, covariance, discriminant analysis and principal components. Afterwards, genotypic analysis and GWAS were performed. Analyzes were performed using Excel®, RStudio® and BLUPF90®. In the Pearson correlation analysis, it was observed that the linear and perimeter measurements correlated positively with the 45 morphometric measurements. Most angular measurements had non-significant correlations with morphometric measurements. It was found that in the analysis of covariance, principal components and discriminant that males presented less variation in linear and perimeter measurements than females. Males were taller and had wider chest, greater scapulohumeral angle and larger neck, both in length and perimeter than females (P<0.05). Females had greater thoracic perimeter, wider hips and greater opening of the thigh-ground and femoro-tibial angles than males (P<0.05). In the GWAS analysis, it was observed that for the 15 morphometric measurements, 628 SNPs were responsible for explaining more than 1% of the genetic variation that occurred in Campolina horses. It is concluded that in Campolina breed, linear and perimeter measurements are the most suitable morphometric measurements for classifying horses according to gender, with greater sexual dimorphism when compared to angular measurements. Possible candidate genes for the morphometric measurements evaluated were: RBMS3, HAUS, PIK3R1, SUCLG2, ZCWPW2, CLYBL, DNAJC3, DNAJC15, KMO, LMOD3, LOC100630169, LOC102148584, LRCH1 and THRB.
URI: https://rima.ufrrj.br/jspui/handle/20.500.14407/14804
Aparece en las colecciones:Mestrado em Zootecnia

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